2015年4月，马云公益基金会捐赠1亿元人民币设立“杭州师范大学·马云教育基金”，用于杭师大开展教育研究与教育创新，探索中国师范教育与基础教育发展方向，并树立师范教育典范。

截至2022年12月，该基金共开展项目8项，参与项目师生累计853人，其中教师165名，学生689名。在推动学校师资建设、师范生培养、优秀青年选拔方面发挥了积极作用。