杭州西溪国家湿地公园是我国第一个湿地公园，也是国内唯一一个集城市湿地、农耕湿地与文化湿地为一体的湿地，被誉为“杭城之肾”。

马云公益基金会自2014年成立以来，将环境保护作为重点公益方向之一，并于基金会启动第二年，成立西溪水资源研究保护中心，主要开展水资源和湿地生态环境保护和研究工作。

为了更好的保护杭州西溪国家湿地公园的生态环境及自然水系，开辟湿地保护新途径，2016年7月底，基金会一次性捐赠792万，用于开展湿地保护、科普教育等相关项目。

2019年10月，马云公益基金会捐赠1亿元人民币，用于西溪湿地的生态环境研究及保护，以“如何更好地实现西溪湿地生态环境的保护与人类生活的平衡”作为主要的研究课题方向，努力解决周边人口的增加和旅游业的发展带来的问题。